在东京来回旅游，您需要考虑以下几个方面的交通安排：

国际航班

成田国际机场：主要负责国际航班，是日本两大国际航空枢纽之一。

羽田机场：主要负责国内航班，也肩负少量以亚洲区航线为主的国际航班。

国内交通

JR铁路：JR是日本的铁路公司集团，线路遍布全国，包括城市间的干线交通、市内交通和大量的小城市间线路。您可以购买JR Pass，适用于跨城市或区域的旅行。

地铁：东京地铁线路复杂，可购买东京地铁券，涵盖9条东京Metro线和4条都营地铁线。

私营铁路：包括东急线、小田急线、京急线、西武线、京王线、东武线、京成线、临海线等，连接东京市中心和周边城市。

巴士：城市之间的长途汽车班次很多，还有夕发朝至的夜行巴士，适合想省钱又时间宽裕的游客。

出租车：起步价较高，推荐使用滴滴国际版（Didi）或Go等打车软件。

水运：东京没有水路交通。

市内交通

JR山手线：位于东京市中心的环状线，以非常短的运行间隔行驶，是东京观光时非常便利的路线。

地铁和JR线：东京地铁和JR线在多个站点相连，可以方便地前往市内各个目的地。

步行：东京许多景点周边都有完善的步行道，适合短距离游览。

旅游通票

东京地铁24小时票：适合游客在一天内无限次乘坐地铁。

东京地铁48小时票：适合游客在两天内无限次乘坐地铁。

JR Pass：适用于日本铁路系统的长途旅行，包括新干线。

行程规划

根据您的兴趣和时间安排，可以制定一个初步的行程，包括浅草寺、东京塔、天空树等热门景点，以及品川水族馆、东京国立博物馆、小众咖啡馆等非常规景点。

注意事项

交通时间：东京的交通系统非常准时，但换乘可能不太方便，建议提前规划好路线，尽量减少换乘。

票价：了解各种交通方式的票价，以便合理规划预算。

语言：虽然许多地方都有英文标识，但了解一些基本的日语短语会有助于旅行。

根据以上信息，您可以制定一个详细的东京旅游计划，包括往返机票、住宿预订、交通安排和行程规划。建议提前购买好交通通票，以便在旅行中更加便捷。同时，了解东京的天气和交通情况，以便做好相应的准备。