注册旅游船运营公司需要完成以下步骤，涉及多个部门的审批和资质办理：

一、公司设立基础流程

工商注册

- 确定公司类型（如有限公司、个体工商户等），提交公司章程、股东身份证明、注册地址证明等材料。

- 完成工商登记后，领取营业执照。

税务登记

- 开立银行基本账户，进行税务登记，核定税种并申请发票。

二、特殊行业资质办理

水运经营许可证

- 向交通部门提交企业法人营业执照、公司章程、船舶相关证照（如船检证书、安全配员证）等材料。

船舶相关证照

- 船舶需取得船检证书、安全配员证等，确保船舶符合运营安全标准。

卫生许可证

- 若涉及餐饮服务，需向卫生部门申请卫生许可证。

三、航线与设施要求

航线申报

- 向航运管理部门申报航线停靠港（站、点），并落实船舶靠泊、旅客上下等安全服务设施。

办公与设施

- 需有固定经营场所（如写字楼或自有厂房），配备传真机、电话、计算机等必要设施。

四、人员资质要求

需配备持有省以上旅游行政部门颁发的《旅行社经理任职资格证书》的总经理或副总经理。

国际旅行社需额外配备3名部门经理或业务主管。

五、其他注意事项

注册资本：

实行认缴制，最低3万元，无需实际到位。

股东与管理人员：建议股东不超过3人，避免未来纠纷。

合规性：确保所有材料真实有效，避免因资质不全被处罚。

建议办理前咨询当地工商、交通、海事等部门，具体流程和材料可能因地区政策差异略有不同。