去日本旅游选择旅游公司时，可以从以下几个方面进行综合考虑：

景点选择

一些旅游公司可能会为了降低成本选择较为便宜的景点，而不是游客预期的风景优美或具有实际意义的景点。因此，在选择旅游公司时，需要注意其景点安排是否符合自己的期望。

服务质量

旅游公司的服务能力和导游水平各不相同，一些游客可能会遇到导游讲解不清楚、态度恶劣等问题，这些都会影响旅游体验。因此，选择有良好口碑和服务质量的旅游公司非常重要。

公司规模和信誉

大型的正规旅行社通常更有保障，例如众信旅游、春秋旅游等，这些公司有较为完善的服务体系和较高的用户满意度。

行程安排

旅行社的行程安排是否合理，是否包含日本文化、历史和地理的讲解和活动，是否注意行程的合理安排，防止疲劳和不适感，这些都是需要考虑的因素。

语言服务

对于不熟悉日语的游客，选择有日语导游或中日双语导游的旅行社会更加放心，能够更好地了解当地文化和习俗。

私人订制服务

如果希望获得更个性化的旅游体验，可以选择提供私人订制服务的旅行社，这些公司通常能够根据游客的需求和要求制定个性化的旅游方案。

价格

价格是选择旅行社的重要因素之一，需要在预算范围内选择性价比高的旅行社。同时，也要注意旅行社是否提供透明的价格和费用明细。

用户评价和口碑

可以通过搜索引擎或社交平台上的评价来了解旅行社的服务质量和用户满意度，选择有良好口碑的旅行社。

综合以上因素，选择一家有良好口碑、服务质量高、行程安排合理、提供私人订制服务的日本旅游公司，可以获得更好的旅游体验和权益保障。建议多参考其他游客的评价和推荐，选择最适合自己的旅行社。