关于日本旅游的超时计算，有以下几点需要注意：

停留时间计算

日本旅游签证的停留时间通常是从入境的第二天开始算起，到签证有效期内的最后一天为止。

单次旅游签证的停留时间一般为15天，但可以在三个月内任意时间赴日，因此实际停留时间可以延长至16天15夜。

入境和离境时间

入境日算作第一天，离境日不算在内。例如，如果航班抵达时间为1号23时，在2号零时以后入境，则起算日为3号，可以在17号出境，停留时间为16天15夜。

非法滞留的后果

如果因自然原因或不可抗力导致游客不能按原定计划离开日本，则视为非法滞留。非法滞留的后果可能包括被移民局带走，按非法滞留走法律程序被遣送回国。

综上所述，日本旅游签证的超时计算主要是从入境的第二天开始算起，最多可停留16天15夜。建议游客在安排行程时，考虑到可能的延误和特殊情况，以确保在签证有效期内离境。