在疫情期间，旅游费用的扣除主要依据以下几个原则：

不可抗力因素：

由于疫情属于不可抗力因素，旅游合同因不可抗力无法履行或继续履行的情况下，旅游企业应当扣除实际支出且无法挽回的费用后，将余款退还旅游者。

实际支出：

旅行社会扣除已经对外支付且不可退还的费用，如交通费、住宿费、税费等，并将余款退还给旅游者。

合同变更：

疫情期间受不可抗力影响出行的，可以变更合同。增加的费用由旅游者承担，减少的费用要退还给旅游者。

退费政策：

国内游应按照国家或省市交通、旅游等部门宣布的退费政策进行退费，以及按照大型旅游平台企业以及景点景区已宣布的退费政策进行退费。

隔离期间工资：

员工自己旅游被隔离不扣工资，企业应支付员工工作报酬，不得解除劳动合同。

综上所述，疫情期间旅游费用的扣除需要根据实际情况具体分析，旅游企业应当在扣除实际支出且无法挽回的费用后，将余款退还旅游者。同时，旅游者和企业都应积极响应国家政策，妥善处理疫情导致的旅游纠纷。