三个人去日本旅游，可以参考以下几种方案：

跟团旅游

如果选择跟团旅游，个人年收入需达到5万元以上即可。跟团旅游可以省去很多自行安排的时间和精力，但需要支付团费和导游服务费用。跟团旅游的优点是行程安排妥当，旅行经验丰富，但缺点是可能不够自由，行程较为固定。

自由行

自行办理个人旅游签证，个人年收入需达到10万元以上，并准备相应的存款证明。自由行可以自主安排行程，更加灵活，但需要自己处理交通、住宿、餐饮等所有细节。建议提前办理好签证，并购买好机票和住宿。

购买全国JR Pass

如果想要去日本的多个城市旅游，可以考虑购买全国JR Pass。7天无限JR搭乘大约需要2500元/人，可以从东京出发去北海道，再从东北玩回东京，非常适合想要游览多个城市的旅行者。

选择廉价航空公司

可以选择乘坐国内廉价航空公司，如春秋航空，提供从北京、上海、天津、武汉等地直飞东京或大阪的航线，价格通常在2000元以内，可以节省不少费用。

乘坐游轮

如果选择乘坐游轮前往日本旅游，可以免签入境。一些游轮公司与日本的一些城市有合作，例如大阪、鹿儿岛、佐世保、福冈、冲绳等。乘坐游轮出行时，需要携带护照和身份证，办理过程较为简便。

建议：

提前规划：无论选择哪种方式，都建议提前规划好行程，包括想要游览的城市和景点，以及住宿和交通安排。

预算管理：日本的消费水平较高，建议提前预算好各项费用，避免在旅行过程中出现财务危机。

购买保险：考虑到旅途中可能遇到的各种风险，购买一份旅游保险是非常必要的。

了解签证要求：根据选择的方式，了解所需的签证类型和申请材料，确保签证能够顺利办理。

通过以上方案，三个人可以根据自己的需求和预算，选择最适合自己的旅游方式。